Hi zu 1. nein hier ist kein bemerkbarer Unterschied der Unterschied ist du kannst einfach mehr über PCI Express anschließen mit dem richtigen WS Board.Die lanes werden über das Board verwaltet, steckst du zb 3 Pcie Karten rein regelt das Board die Grafikkarte auf 8x runter und somit werden wieder 8 frei.Workstation Boards haben eine bessere Verwaltung dafür kosten diese aber auch mehr.Das Z390 System hat eigentlich keine Nachteile wenn du die onboard Grafik benutzt was für nur Audio mehr als ausreichend ist selbst bei 4K.Auf die Grafikkarte kannst du eigentlich verzichten.
2.Der Vorteil von dem großen 2066 System ist einfach du bringst hier mehr Ram unter.Du sagst du hast große library’s wenn 64GB nicht ausreichen würde ich auf das große gehen,sonnst lohnt es sich eigentlich nicht.
Ich habe ein Test gemacht mit Kontakt library’s M.2 950Pro vs MX500 Crucial Sata.Den Unterschied kannst du vielleicht messen aber du wirst ihn nicht merken da hier die Software limitiert, das Geld kannst du besser in mehr Ram investieren.
- Diese X299 Boards mit Dp Panel haben Onboard Thunderbolt 3 Anschluss darum hat nix mit Onboard Grafik zu tun.
Hoffe alles ist klar 
Lg