Kann dir leider nicht wirklich weiterhelfen, aber:
Cubase kann mit einen ASIO-Treiber direkt die Soundkarte(in Deinen fall Boxen) ansprechen, und Windows hat normalerweise gar keinen Einfluss drauf (Ausser natürlich der Einstellungsdiolog vom ASIO-Treiber). Darum glaube ich, dass das Ein-Aus-schalten von Eingängen in Windows gar keinen Einfluss auf Dein Problem haben kann.
*) Kannst Du vl. einen Screenshot von den F4-VST-Verbindungen machen.
*) Einen Screenshot vom ASIO-Treiber-Einstellungen in Cubase/Geräte/Geräte-konfigurieren…
*) Einen Screenshot vom Mixer wo man alle Ein und Ausgänge sieht (routing).
Damit könnte man auf die schnell einiges ausschließen…
Meine vor kurzen einen Thread hier gesehen zu haben, wo einer ein ähnliches Problem hatte, weiß aber nicht wies ausgegangen ist, und finde den Thread jetzt leider nicht. Normalerweise hat man vl. solche Probleme wenn man eine Soundkarte mit “eingebauten Mischpult” hat wo man so einen Shice zusammen-routen kann. Aber mit ASIO4ALL scheint mir diese Problem schon sehr ungewöhnlich…
LG