Soooo…
Das neue System läuft.
Habe mehrer Varianten getestet.
(C: entspricht der System Partition, VST Plugins immer im Cubase Ordner, alles SSD Speicher)
Cubase auf C:, Projektordner auf D:
Cubase auf D:, Projektordner auf D:
Cubase auf D:, Projektordner auf E:
Das Ergebnis: Ich kann keinen Unterschied feststellen - weder beim Laden, Rendern, generelle Leistung oder sonstiges.
Damit hat sich die Frage erledigt 
Ich habe mich für folgendes Setup entschieden:
Windows auf C:
Cuabse & Projektordner auf D:
Samples & VsTi-Daten auf E: