Wenn ich Dich richtig verstanden habe, möchtest Du per MIDI Program-Change-Befehl die Multis umschalten.
Das geht in H5 nicht, aber in HALionSonic2 (das Du mit der H5-Lizenz ebenfalls nutzen kannst) ist diese Option vorhanden.
Andererseits, wenn Du in HS2 die ProgCh-Befehle auf das Laden ganzer Multis anwendest, funktioniert das dann mit der Program-Auswahl innerhalb eines Multis nicht mehr!
Dass Cubase sich die kompletten Einstellungen von H5 inkl. des aktuellen Multi-Presets merkt, hat nichts mit MIDI zu tun. In jedem Cubase-Projekt sind die Einstellungen aller verwendeten VSTis vollständig enthalten.
Gruß
Pat