An der Stelle bringt das nichts.
Cubase legt beim Start ganz frech einen neuen Ordner C:\Users\DeinBenutzer\AppData\Roaming\Steinberg\Retrologue_64 an 
Was auf jeden Fall klappt, um die Presets loszuwerden (was für mich selbst aber nicht infrage käme):
Verschiebe, Umbenenne oder wenn Du willst lösche 
die zu Retrologue gehörenden Presetdateien.
Das sind *.vstsound-Dateien, die im VST Sound-Ordner liegen.
Cubase muss natürlich zuvor geschlossen worden sein.
Bei mir sind es 3 Dateien:
FCP_SMT_112_Retrologue_Presets.vstsound
FCP_SMT_777_MPE_Sounds_Retrologue.vstsound
FCP_SMT_796_Retrologue2_Presets.vstsound
Wenn Du dann Cubase startest, kommen ein paar Rückfragen nach den vermissten Dateien, aber das war ja so gewollt 
Wie ich es deutlich besser fände:
In der Mediabay (von Cubase!) alle Retrologue-Factory-Presets markieren - wenn sie im selben Ordner liegen, natürlich gleichzeitig, und dann das Rating heruntersetzen, z.B. auf nur ein Sternchen.
Wenn Du dann den Retrologue wieder öffnest und auf “Preset laden …” klickst, kannst Du entweder die Presets nach dem Rating sortieren oder danach filtern.
Ich habe mir seit langem eine andere Methode angewöhnt:
Ich speichere meine Presets meist in Ordner, die dann in der “Öffnen”-Liste immer ganz oben auftauchen.
Üblicherweise sind diese im Ordner “Dokumente” (Eigene Dateien) zu finden, und man kann sie auch nachträglich noch verschieben 
Außerdem beginne ich meine Preset-Bezeichnungen meist mit meinen Initialen, nach denen ich dann auch noch schnell filtern könnte.