Da die VSTs neben den DLLs ja auch mehr oder weniger umfangreichen Content mitbringen, habe ich die definitiv nicht auf dem Systemlaufwerk mit Windows in den Programmen.
In einem Laufwerk mit einem VST Ordner spricht für mich nichts dagegen, Unterordner je Hersteller anzulegen.
In Cubase dann den separaten VST Pfad mit eintragen. (Der wird zwar bei Upgrades meistens nicht mit übernommen. Wenn man das weiß, ist es aber nicht schlimm, weil man den Pfad schnell wieder eingeben kann und dann nicht alles neu installieren muss.
Vom Systemlaufwerk mache ich auch regelmäßig eine Sicherung (Image). Dann kann ich nach Spielereien oder fehlgeschlagenen Updates immer wieder auf einen sauberen Zustand zurück. Wenn auf dem Systemlaufwerk auch der Sound Content wäre, wären das ziemlich große und zeitaufwändige Backups.